Vous avez bien compris les cotisations CMU sont déductibles du revenu (vous ne les déduisez pas directement mais vous les notez dans la case prévue à cet effet).
De la même façon un frontalier couvert par une assurance suisse LAMal déduira ses cotisations de base (AOS) directement de son revenu.
Un citoyen français n'a pas à déduire quoi que ce soit, puisque sa déclaration se base sur son salaire net de charges et de cotisations (les cotisations sont donc -de fait- déduites car prélevées en amont).
Si le frontalier a la possibilité de déduire ses cotisations maladies, c'est qu'il les verse par lui même, tandis que celles du citoyen français ont été prélevées avant.