Attention, le mécanisme Duflot ne génère aucun déficit foncier ! Le Duflot génère "seulement" une réduction d'impôt.
Ce type de mécanisme n'est absolument pas adapté pour réduire votre RFR...
Ensuite concernant votre financement, vous risque de ne pas avoir beaucoup le choix. En effet, il est très difficile pour des questions de risque et de revenus de financer ce type d'investissement en francs suisses au moyen d'un prêt en devise.
Dans la quasi-totalité des cas, cela se fait au moyen d'un prêt en euros, sauf apport très conséquent (ce qui n'est pas forcément dans l'intérêt d'une personne cherchant à réaliser un déficit foncier).
Enfin sachez que quelle que soit la monnaie utilisée pour le financement, les intérêts sont imputables (le cas échéant). Donc EUR ou CHF, pas de souci.